De Batavia heeft 10 zeilen en 2 bonnetten. Zeventiende-eeuwse zeiltuigage heeft geen echte mogelijkheden om zeilen te reven, anders dan ze gedeeltelijk in te nemen. Een bonnet is een strook zeildoek die met losse seizings aan het zeil is bevestigd. Als er meer wind staat, wordt de bonnet afgenomen. Het bezaanzeil en de fok van de Batavia hebben ieder een bonnet.
Met uitzondering van de bezaan, is de Batavia vierkant getuigd. Dat wil zeggen dat de zeilen zijn opgehangen aan ra’s die dwars op de lengte van het schip staan. De ra’s zijn met z.g. rakken aan de masten bevestigd en kan men hijsen en laten zakken. De zeilen zijn vervaardigd van vlasdoek, waarbij de grotere zeilen van een zwaardere kwaliteit zijn vervaardigd dan de kleinere. Dit vlasdoek wordt geleverd op rollen van ruim 60 cm breed. Met de hand zijn de afzonderlijke banen tot één zeil genaaid. Het totaal zeiloppervlak van de zeilen van de Batavia bedraagt 1180 m2. De afmetingen van de zeilen en hun gewicht staan hieronder vermeld. Sommige zeilen zijn rechthoekig, andere hebben een trapeziumvorm en daardoor een korter bovenlijk dan onderlijk. Bij een zeil spreekt men daarnaast niet van de hoogte, maar van de diepte. NB: de gewichten van de zeilen betreffen uitsluitend het doek zelf in droge toestand. Een zeil kan bijna zijn eigen gewicht aan vocht opnemen. Ook zijn de lijketouwen niet meegerekend. Sommige zeilen kunnen wel twee keer zo zwaar worden als hieronder staat aangegeven. 
A: Schoverzeil of Grootzeil
Wordt gevoerd als onderste zeil aan de grote mast, aan de grote ra
B Fok
Wordt gevoerd als onderste zeil aan de fokkemast, aan de fokkera
B1 Bonnet van de fok
C Bezaan
Wordt aan de bezaansmast langsscheeps gevoerd aan de bezaansroede als ‘latijnzeil’
C1 Bonnet van de bezaan
D Blinde
Wordt gevoerd onder de boegspriet aan de blinde-ra
E Grootmarszeil
Wordt gevoerd aan de grote mast, aan de grootmarse-ra
F Voormarszeil
Wordt gevoerd aan de fokkemast, voormarse-ra
G Grootbramzeil
Wordt als bovenste zeil gevoerd aan de grote mast, aan de grootbram-ra
H Voorbramzeil
Wordt als bovenste zeil aan de fokkemast gevoerd, aan de voorbram-ra
I Bovenblinde
Wordt gevoerd aan de bovenblindera aan de blinde steng, op het einde van de boegspriet; kleinste en lichtste zeil van de Batavia
J Kruiszeil
Wordt gevoerd aan de bezaansmast. Heeft als enige zeil zowel een ra aan de bovenzijde (kruisra), als aan de onderzijde (begijnera)
